Le PNPC comprend environ 80 agents répartis sur 4 services opérationnels et un secrétariat général (installés au siège, à Hyères), 4 secteurs (Port-Cros, Porquerolles, Giens-Tombolo sur Hyères, et Cap Lardier sur La Croix-Valmer) ; Le parc a également en gestion le Conservatoire botanique national méditerranéen qui emploie 18 agents permanents sur 3 sites. 
Le PNPC dispose d'une longue expérience de la gestion des milieux insulaires littoraux et marins de Méditerranée.
Outre les îles de Port-Cros et de Porquerolles en cœur de parc (2 950 ha en cœur marin et 1 671 ha en cœur terrestre), son action s'étend également sur des espaces littoraux appartenant au Conservatoire de l'espace littoral et des rivages lacustres qui lui sont confiés en gestion.
En application de la loi du 14/04/2006 portant réforme des parcs nationaux, le PNPC s'est doté d'une charte, approuvée par le décret n° 2015-1824 du 30/12/2015, dont l'aire optimale d'adhésion s'étend sur le territoire du littoral Varois compris entre les communes de La Garde, à l'ouest, et Ramatuelle, à l'est (superficie de 23000 ha pour 11 communes concernées).
5 communes ont adhéré à la charte du Parc : La Garde, Le Pradet, Hyères, La Croix-Valmer et Ramatuelle. Cette charte et ses ambitions, rapprochent dans un même projet d'ensemble à moyen terme les politiques de protection du patrimoine naturel dans les cœurs et de développement local durable dans l'aire d'adhésion et dans l'aire maritime adjacente.

Au sein de l’établissement public, L'Unité territoriale des Îles d'Or (UTID) a pour mission de préserver et de gérer de manière « durable » les espaces naturels protégés en cœur de parc sur les îles de Port-Cros et de Porquerolles. Les cœurs de parc englobent les espaces terrestres de l'île de Port-Cros et les espaces naturels de l'île de Porquerolles, ainsi qu'une ceinture maritime de 600 m autour des îles. Les îles comportent des paysages préservés et une biodiversité très riche qui sont d'un attrait très fort. De ce fait, elles subissent des usages professionnels et des activités de loisirs très variées et saisonnières qui peuvent impacter son intégrité.
Sur l'île de Port-Cros, se situe un port de plaisance et commercial très actif en été et dont la gestion est confiée au Parc national par l'État.
L'insularité marquée de ce territoire reste une contrainte forte du fonctionnement du Parc national sur les îles.
L'UTID a été créée en 2020. Le principe est une mutualisation poussée et une mise en commun des moyens techniques et humains sur un certain nombre de missions entre les deux îles (en matière de connaissances, de surveillance par exemple).
L'UTID a été fondée sur le principe d'une mutualisation des moyens humains, techniques et financiers destinée à valoriser au mieux l'expression des compétences des agents et l'optimisation des actions de l'établissement. Le port et sa gestion sont également placés sous la responsabilité du chef de l'unité;